A film az 1530-as és az 1550-es években játszódik Párizsban és Genfben. Kálvin János és Szervét Mihály diáktársak Párizsban. Az egyetemista ifjúság Kálvin álnéven írt "Institution" című művével a reformáció győzelmét ünnepli. Mikor az inkvizíció megtalálja barátjánál az álnéven rejtőzködő Kálvint, a vérkeringést kutató fiatal Szervét magát mondja a vallásújítónak, csak hogy Kálvint mentse. Húsz év múlva Szervét kerül az inkvizíció elé Kálvinhoz írt levelei miatt, amelyekben elveti a Szentháromságot, és tudományosságon alapuló istenhitet hirdet. Genfben, Kálvinnál keres menedéket, aki vitájukban eszméi visszavonására akarja rávenni, majd, hogy megszilárdítsa a reformáció új hatalmát, könyveivel a máglyára küldi. FE